但随着技术边界与科学问题的进一步拓展，研究范式从多层组学整合向更为广义的单细胞多模态整合演进。多模态整合通过同时测量一个细胞的多个信息，旨在融合任何在单细胞分辨率下获取的、异质性的互补数据模态，从而获得更全面的细胞状态信息，其范畴超越了传统的多组学，进一步将空间位置信息、细胞形态特征乃至动态过程测量等纳入统一的分析框架。这种从“多组学”到“多模态”的演进，标志着单细胞研究从解析细胞内部的分子调控网络，迈向在更丰富、更立体的多维信息空间中，系统重构细胞的身份、功能、互作与演化历程。
 

在单个细胞中同时检测多种模态可能是全面研究细胞状态和基因调控的最直接方法。在此背景下，Ferchen等人通过整合单细胞转录组和表面蛋白测序、单细胞转录组、表面蛋白和染色质可及性测序及高维流式细胞术等前沿技术，完成了对小鼠骨髓HSCs和HPCs群体的高分辨率多模态图谱构建。该研究策略创新性地桥接了基于经典表面标记的流式细胞分选与基因组学方法，分离基于动态调控的转录因子活性和稳定的分子特征，验证造血干/祖细胞状态，从而精准得到具有预期基因表达模式的细胞群体，并有效追踪不同造血干/祖细胞状态的发展潜能。
 

出自《单细胞多组学技术在造血干细胞研究中的应用与进展》作者张奕扬，董芳。