总体而言，scATAC-seq技术能够高效地描绘染色质的开放状态与调控潜能，但其本质上基于间接推断而非直接观测，从而无法区分和揭示是何种组蛋白修饰或特定转录因子塑造了这一状态。染色质的开放状态界定了细胞的转录潜能，而这种潜能最终转化为具体的基因表达产物则需要转录过程的实现。scRNA-seq正是捕捉这一转录“快照”、解析细胞当前状态最广泛使用的技术。scRNA-seq是一种在单个细胞分辨率下定量基因表达的技术，广泛应用于解析细胞异质性、推断谱系分化及研究随机基因表达等方向。
 

该技术通过分离单个细胞，将其mRNA反转录为细胞特异性的cDNA后进行高通量测序，揭示细胞间基因表达异质性。根据扩增原理，可以分为基于同聚物尾巴的单细胞RNA测序PCR、基于RNA转录本5′端剪接机制的单细胞RNA测序PCR、基于体外线性扩增的单细胞RNA测序PCR和基于引物设计的RNA测序等。表2对这些单细胞RNA测序类型的原理、代表技术、优劣势以及应用场景进行了总结。自2009年Tang等人开创以来，经Islam等学者的持续改进，scRNAseq已在通量与精度上取得显著提升，并从整体RNA分析演进至单细胞及空间分辨转录组新阶段。
 

出自《单细胞多组学技术在造血干细胞研究中的应用与进展》作者张奕扬，董芳。