但是后续研究表明即使不激活c-Myc，iPSC分化诱导产生的神经干细胞移植免疫缺陷小鼠后仍然存在很强的致瘤性，且致瘤概率远高于胚胎干细胞。除了重编程因子驱动的致瘤性外，干细胞产生致瘤性的另一原因是染色体异常排列，2011年的一项研究表明，hESC和hiPSC的长期培养过程中会出现1、12、17和20号染色体变异。此外，在iPSC重编程过程中，病毒载体的使用会增加基因组整合的风险。相较之下，化学小分子诱导的重编程可以规避基因组整合的风险，提高细胞治疗的安全性。
 

多能干细胞作为种子细胞，为多种疾病的治疗提供了可能。但是干细胞体外分化衍生物的高度异质性严重影响了细胞治疗的安全性。造成这一现象的原因之一是多能干细胞品系之间存在很强的异质性，Osafune等人利用17个hESC细胞系进行体外分化，发现不同品系之间谱系特异性基因的表达水平差异大于100倍，这导致不同品系之间具备不同的分化倾向。克隆之间表达模式不同也是干细胞异质性强的原因之一。Todd S.Macfarlan 研究发现诱导多能干细胞以及小鼠内细胞团中分离出的胚胎干细胞中，存在少量克隆与2细胞期的胚胎表达模式相似，它们具有更高的分化潜能。除此之外，由于长期体外培养或基因操作导致细胞间基因、蛋白表达水平变化进一步加剧了干细胞及其衍生物的异质性。
 

出自《合成生物学在干细胞工程化改造中的研究进展》作者:蔡冰玉，谭象天，李伟。