问：LncRNA测序数据分析是什么？2023-07-10 09:29:05
答：对常氧组和低氧组JBMMSCs样本进行lncRNA测序，以确定两组之间差异表达的lncRNA与Mrna。数据分析过程总结如下:首先，通过筛选（|log2FC|≥1且P值＜0.05），保留差异表达的IncRNAs和Mrna。使用lncRNA亚细胞定位预测软件lncLocator预测DELs的亚细胞定位。利用生物信息学软件LncBase预测DELs的靶miRNA。然后，利用Starbase预测miRNA的潜在靶点,要求同时满足PITA、miRmap、microT、miRanda、PicTar、TargetScan等6个数据库预测结果。所有预测算法均在默认参数下运行。最后，将预测的miRNA靶基因与缺氧条件下显著上调的Mrna取交集，分别识别负相关的miRNAMrna和lncRNA-miRNA。出自《低氧条件下颌骨骨髓间充质干细胞生物学活性及长链非编码RNAs表达谱差异的分析》作者王振宁，江小霞，张宇。
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